福尔马林固定石蜡包埋技术(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded, FFPE)是一种组织保存技术。这种技术为了维持细胞核的蛋白结构,先用福尔马林固定然后将组织用固体石蜡包埋,以供切片后作组织学诊断或研究使用。
FFPE样本DNA提取试剂盒的应用:
福尔马林由于可以与蛋白氨基发生不可逆交联,所以对保持组织细胞结构的完整性、抗原可测定性、组织渗透性方面均优于其他固定液。因此,FFPE技术长期以来在检验、科学研究中得到广泛应用,尤其是细胞形态学研究和病理学研究。随着这几年分子诊断领域的不断发展,FFPE技术也越来越多的被应用在对疾病进行分子诊断。
FFPE样本DNA提取试剂盒提供了一种快速提纯方法,可在短短时间内从福尔马林固定的FFPE组织样品中分离和纯化总RNA。由于使用福尔马林固定组织导致RNA和蛋白质的交联,并且嵌入组织样品的过程也可导致RNA随时间的破碎。FFPE样本DNA提取试剂盒允许逆转部分福尔马林的修饰,从而获得高质量和高产量的RNA。该试剂盒能够净化所有大小的RNA,从大的mRNA和核糖体RNA到microRNA和小干扰RNA,取决于FFPE组织的年限,因为已知RNA的碎片化会随着时间的推移而发生。
储存条件:
磁珠悬浮液和蛋白酶K置于2-8℃保存,其他试剂可室温保存,有效期12个月。
FFPE样本DNA提取试剂盒的应用步骤:
1、从源头抓起,完善样本的前处理
离体时间:取材后应在30min内及时固定,防止组织变质。
样本要求:选择合适大小的组织块制作石蜡包埋组织样本,一般不**过15x10x5mm。
固定液选择:建议使用10%中性福尔马林固定液,对组织进行固定,固定液应为被固定标本体积的5-10倍,并定期更换。
固定时间:根据样本情况调节固定时间,一般在24-48h为宜,固定时间过长会加重FFPEDNA的片段化。
包埋要求:选用纯净且熔点适宜的蜡,包埋要迅速,禁用明火。
切片厚度:包埋好的组织样本根据需要确定切片厚度,标准切片厚度为4um,用于核酸提取的切片可以在10-20um,保证切片厚度的持续稳定。
2、选择合适的提取试剂盒
目前市场上有多种提取试剂盒,应选择合适的试剂盒才能保证实验的成功率。
FFPE样本DNA提取试剂盒的产品特点:
1、基于纳米磁珠的提取纯化技术;
2、高载量,高提取效率;
3、适合手工提取及自动化工作站使用; 操作便捷;
4、提取产物可用于PCR、实时荧光定量PCR、二代测序等。
FFPE样本DNA提取试剂盒的常见问题分析及解决方法:
从前处理、提取、建库到测序分析,FFPE样本常见问题复杂多样,其中绝大部分问题和样本直接相关,可以通过回溯实验过程及分析来优化实验。
1、文库复杂度低
原因:样本质量差:测序深度太高;
优化方法:规范前处理、核酸提取过程;检查设备状态等;调整测序深度。
2、文库片段短
原因:样本质量差;打断时间过长
优化方法:规范前处理;调整打断时间。
3、文库总量低
原因:核酸投入/杂交投入量低;样本质量差;实验操作不规范;
优化方法:投入足够量的核酸,规范实验操作。
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