福尔马林固定石蜡包埋技术(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded, FFPE)是一种组织保存技术。这种技术为了维持细胞核的蛋白结构,先用福尔马林固定然后将组织用固体石蜡包埋,以供切片后作组织学诊断或研究使用。
FFPE样本DNA提取试剂盒的常见问题分析及解决方法:
从前处理、提取、建库到测序分析,FFPE样本常见问题复杂多样,其中绝大部分问题和样本直接相关,可以通过回溯实验过程及分析来优化实验。
1、文库复杂度低
原因:样本质量差:测序深度太高;
优化方法:规范前处理、核酸提取过程;检查设备状态等;调整测序深度。
2、文库片段短
原因:样本质量差;打断时间过长
优化方法:规范前处理;调整打断时间。
3、文库总量低
原因:核酸投入/杂交投入量低;样本质量差;实验操作不规范;
优化方法:投入足够量的核酸,规范实验操作。
FFPE样本DNA提取试剂盒中常用的法脱蜡法的过程和问题:
目前应用在成熟试剂盒中的脱蜡方法主要是溶剂脱蜡法,其中脱蜡法由于其脱蜡彻底的特性,较广泛的应用在疾病研究中。
在脱蜡法中,需要将石蜡包埋组织浸泡在溶液中进行脱蜡,后面经过两次高温处理,每次各一个小时,分别在56℃和90℃。在此期间结合消化缓冲液和蛋白酶K来消化组织,同时利用梯度乙醇来疏松组织结构、促进消化液渗入并去除组织中痕量。
FFPE样本DNA提取试剂盒的产品优势:
1、高纯:提取基因组DNA产量高、纯度好,蛋白和RNA污染低;
2、兼容:适用于各种不同FFPE组织样本及低质量样本的提取;
3、安全:操作简单,无酚、氯仿等溶剂;
4、自动化:兼容手动提取及自动化提取程序。
FFPE样本DNA提取试剂盒使用中为什么要脱蜡?
如果要对FFPE组织进行分子生物学研究,开始的就是要进行DNA的提取。 但是固定剂的交联作用对核酸是有害的,福尔马林石蜡和交联作用会妨碍核酸的提取,抑制DNA聚合酶的活性从而影响PCR扩增。除此之外,石蜡阻碍消化液对组织的渗透,从而抑制蛋白酶K和组织内蛋白的接触,影响组织消化和DNA释放。所以为了消除石蜡对DNA提取和PCR扩增的不良影响,必须在保证不增加外源性PCR抑制因子,并尽量减少DNA额外损伤的前提下对组织进行彻底脱蜡。
FFPE样本DNA提取试剂盒提供了从福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样品中分离和纯化DNA的快速方法。使用此试剂盒可以获得高质量和高产量的DNA,而且可在较短时间内完成。纯化的DNA具有高产率和完整性,不含抑制剂,可用于多种下游应用,包括qPCR,突变筛选,微阵列分析,测序,单核苷酸多态性(SNP)和STR基因分型。
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