FFPE样本DNA提取试剂盒无有害试剂,提高实验的安全性;自动化提取满足不同通量需求,显著提高生产率;更大程度减少手工操作时间。
FFPE样本DNA提取试剂盒的产品特点:
1、基于纳米磁珠的提取纯化技术;
2、高载量,高提取效率;
3、适合手工提取及自动化工作站使用; 操作便捷;
4、提取产物可用于PCR、实时荧光定量PCR、二代测序等。
FFPE样本DNA提取试剂盒的常见问题分析及解决方法:
从前处理、提取、建库到测序分析,FFPE样本常见问题复杂多样,其中绝大部分问题和样本直接相关,可以通过回溯实验过程及分析来优化实验。
1、文库复杂度低
原因:样本质量差:测序深度太高;
优化方法:规范前处理、核酸提取过程;检查设备状态等;调整测序深度。
2、文库片段短
原因:样本质量差;打断时间过长
优化方法:规范前处理;调整打断时间。
3、文库总量低
原因:核酸投入/杂交投入量低;样本质量差;实验操作不规范;
优化方法:投入足够量的核酸,规范实验操作。
FFPE样本DNA提取试剂盒提供了从福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样品中分离和纯化DNA的快速方法。使用此试剂盒可以获得高质量和高产量的DNA,而且可在较短时间内完成。纯化的DNA具有高产率和完整性,不含抑制剂,可用于多种下游应用,包括qPCR,突变筛选,微阵列分析,测序,单核苷酸多态性(SNP)和STR基因分型。
FFPE样本DNA提取试剂盒中常用的法脱蜡法的过程和问题:
目前应用在成熟试剂盒中的脱蜡方法主要是溶剂脱蜡法,其中脱蜡法由于其脱蜡彻底的特性,较广泛的应用在疾病研究中。
在脱蜡法中,需要将石蜡包埋组织浸泡在溶液中进行脱蜡,后面经过两次高温处理,每次各一个小时,分别在56℃和90℃。在此期间结合消化缓冲液和蛋白酶K来消化组织,同时利用梯度乙醇来疏松组织结构、促进消化液渗入并去除组织中痕量。
随着基因组学检测技术的快速发展,尤其新一代测序技术 (NGS) 的飞速发展,在细胞分子水平提供了新的的检测能力,研究人员可以使用这一技术手段,重新开启FFPE样本宝藏的大门,寻找疾病与基因关系,进而去解释疾病的未解之谜。然而,在FFPE组织标本的制备和贮存过程中,组织经福尔马林固定、石蜡包埋后很容易引起DNA的交联和降解,研究人员很难获得足量的高质的DNA样本,这也对新的检测技术提出新的要求。
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